酸奶不宜空腹飲用。人在空腹時，胃液中的PH值小于2，而酸奶中的乳酸菌要在PH值5.4以下的微酸環境中才能生長、繁殖，發生效應。

而PH值小于2的強酸環境，不利于乳酸菌的存活。酸奶忌與紅霉素、氯霉素、磺胺類、頭孢等抗生素類藥同服（如用酸奶當水服藥）。這些藥能殺滅乳酸菌。

酸奶禁忌加熱，溫度越高，營養、乳酸菌損失越大。對于胃酸過多者，應與其他食物一同配合食用酸奶。

服用抗生素的病人（在服藥后0.5-1小時后，再飲用酸奶）。吃酸奶絕對不可搭配香腸臘肉等高油脂和加工肉品。因為加工肉品內添加了硝，會和酸奶的胺形成亞硝胺，是致癌物質，所以盡量不要把酸奶和燒臘一起吃。